Streptocoques viridans et espèces apparentées aux streptocoques
Les streptocoques alpha- ou non-hémolytiques et les espèces apparentées (Abiotrophia spp., Aerococcus spp., Granulicatella spp.etc.) constituent un vaste groupe d’espèces commensales de l’oropharynx et du tractus digestif ou urogénital.
Les espèces de streptocoques viridans sont habitellement classées en 6 groupes : Streptococcus anginosus, S. bovis/equinus, S. mitis, S. mutans, S. salivarius et S. sanguinis.
A l’exception de Streptococcus pneumoniae et des streptocoques du groupe S. anginosus, elles sont considérées comme pathogènes opportunistes. Ces espèces font néanmoins partie des principaux agents d’endocardite infectieuse. En outre, certaines espèces, notamment des groupes mitis, salivarius et sanguinis, présentent des taux élevés de résistance aux bêta-lactamines.
Espèces d'origine animale
Les espèces de streptocoques commensales ou pathogènes chez l’animal peuvent occasionnellement franchir la barrière d’espèce et être responsable d’infection humaine. Ces infections surviennent le plus souvent à la suite d’un contact contaminant avec l’animal source de l’infection.
Les infections chez l’espèce humaine sont rares et le plus souvent dues à des espèces bêta-hémolytiques, en particulier les espèces Streptococcus equi subsp. equi ou S. equi subsp. zooepidemicus (groupe C), S. canis (groupe G) et S. suis (groupe D ou non groupable).
L’identification au rang de l’espèce ou de la sous-espèce est réalisée pour chaque souche.
Elle repose sur les caractéristiques phénotypiques, la détermination du groupe de Lancefield et la spectrométrie de masse MALDI-Tof MS (base locale du CNR).
Elle peut être complétée par une identification moléculaire (sodA voire séquençage complet du génome).
Référence :
Identification of streptococci to species level by sequencing the gene encoding the manganese-dependent superoxide dismutase.
J Clin Microbiol. 1998 Jan;36(1):41-7. doi: 10.1128/JCM.36.1.41-47.1998. PMID: 9431917
Un antibiogramme est réalisé pour chaque souche selon les recommandations du CA-SFM/EUCAST.
La détermination de la CMI à différentes bêta-lactamines est systématiquement réalisées (technique en gradient ou microdilution en milieu liquide).
Tout phénotype de résistance inhabituel annoncé par les correspondants est contrôlé par mesure des CMI (résistance aux bêta-lactamines chez les streptocoques bêta-hémolytiques, résistance aux linézolide, aux glycopeptides, etc.).
La détection des déterminants génétiques de résistance aux antibiotiques est réalisée par PCR multiplexes ou spécifiques selon les cas.
Toutes les souches qui présentent un phénotype de résistance inhabituel ou dont le déterminant génétique n’est pas identifié par PCR sont analysées par séquençage complet du génome (Whole genome sequencing, WGS).
Référence :
Multiplex PCR for simultaneous detection of macrolide and tetracycline resistance determinants in streptococci.
Malhotra-Kumar S, Lammens C, Piessens J, Goossens H.Antimicrob Agents Chemother. 2005 Nov;49(11):4798-800. doi: 10.1128/AAC.49.11.4798-4800.2005.PMID: 16251336
