Les liens de clonalité en cas de suspicion de cas groupés sont recherchés par séquençage complet du génome (Whole genome sequencing, WGS).
Les ADN génomiques sont séquencés par technique Illumina (Plateforme de Microbiologie Mutualisée de l’Institut Pasteur). La plateforme suit la démarche qualité de l’Institut Pasteur et s’inscrit dans le périmètre d’activité du LREMS (Laboratoire de Référence et d’Expertise Multi-site, structure regroupant en une seule entité l’ensemble des CNR, CCOMS du campus et la CIBU).
Les analyses phylogénétiques, le typage in silico et le résistome des souches sont réalisés par le CNR-Streptocoques.
