Streptococcus pyogenes (ou streptocoque du groupe A, SGA) est un pathogène strictement humain dont le réservoir naturel est principalement constitué par le pharynx. La contamination interhumaine est aérienne (gouttelettes) ou par contact direct ou indirect à partir de lésions cutanées.
S. pyogenes est responsable d’un large spectre de pathologies, allant d’infections bénignes fréquentes telles que l’angine et la scarlatine, à des infections sévères, plus rares, mais de mauvais pronostic telles que la fasciite nécrosante, le syndrome de choc toxique streptococcique (SCTS) ou la fièvre puerpérale. Ces manifestations cliniques aiguës peuvent se compliquer de séquelles post-infectieuses auto-immunes comme le rhumatisme articulaire aigu et la glomérulonéphrite aiguë, en particulier en cas d’antibiothérapie mal conduite.
Une recrudescence des infections à S. pyogenes a été décrite depuis les années 1980, survenant sous forme de bouffées épidémiques, la dernière datant de l’automne 2022, à la faveur de différents clones.
La diversité des manifestations cliniques est associée à de nombreux facteurs de virulence parmi lesquels la protéine M de surface, les streptolysines et les toxines superantigéniques. La protéine M, codée par le gène emm, est immunogène et présente une grande diversité antigénique. En outre, S. pyogenes possède jusqu’à 11 gènes distincts codant des toxines superantigéniques pouvant être responsables d’une stimulation immunitaire massive conduisant au SCTS.
L’identification au rang de l’espèce est réalisée pour chaque souche.
Elle repose sur les caractéristiques phénotypiques, la détermination du groupe de Lancefield et la spectrométrie de masse MALDI-Tof MS (base locale du CNR).
Elle peut être complétée par une identification moléculaire (sodA voire séquençage complet du génome).
Référence :
Identification of streptococci to species level by sequencing the gene encoding the manganese-dependent superoxide dismutase.
J Clin Microbiol. 1998 Jan;36(1):41-7. doi: 10.1128/JCM.36.1.41-47.1998. PMID: 9431917
L’antibiogramme des souches de S. pyogenes annoncées sensibles aux bêta-lactamines, macrolides et apparentés, aminoglycosides et tétracyclines n’est pas réalisé.
Un antibiogramme est réalisé pour chaque souche dans les autres situations selon les recommandations du CA-SFM/EUCAST.
Tout phénotype de résistance inhabituel annoncé par les correspondants est contrôlé par mesure des CMI (résistance aux bêta-lactamines chez les streptocoques bêta-hémolytiques, résistance aux linézolide, aux glycopeptides, etc.).
La détection des déterminants génétiques de résistance aux antibiotiques est réalisée par PCR multiplexes ou spécifiques selon les cas.
Toutes les souches qui présentent un phénotype de résistance inhabituel ou dont le déterminant génétique n’est pas identifié par PCR sont analysées par séquençage complet du génome (Whole genome sequencing, WGS).
Référence :
Multiplex PCR for simultaneous detection of macrolide and tetracycline resistance determinants in streptococci.
Malhotra-Kumar S, Lammens C, Piessens J, Goossens H.Antimicrob Agents Chemother. 2005 Nov;49(11):4798-800. doi: 10.1128/AAC.49.11.4798-4800.2005.PMID: 16251336
La protéine M, constituée de 2 chaînes peptidiques surenroulées formant une tige centrale hélicoïdale dont l’extrémité N-terminale présente une grande diversité antigénique, est codée par le gène emm. Le typage de la séquence nucléotidique codant la région variable N-terminale est à la base de l’épidémiologie des infections à S. pyogenes et S. dysgalactiae subsp. equisimilis. A ce jour, > 200 génotypes différents ont été décrits.
La détermination du génotype emm de chaque souche de streptocoques des groupes A, C et G est réalisée par PCR puis séquençage.
Référence :
S. pyogenes possède 11 gènes distincts, de distribution variable selon les souches, codant des toxines superantigéniques parmi lesquelles les toxines érythrogènes SpeA et SpeC (streptococcal pyrogenic exotoxins) responsables de l’éruption cutanée de la scarlatine et la protéine SSA (streptococcal superantigen).
- Pour les souches de S. pyogenes, détection par PCR des gènes speA, speB, speC, ssa et smeZ,
- Pour les souches de S. dysgalactiae subsp. equisimilis, détection par PCR du gène de l’exotoxine speG(dys).
