Le CNR-Strep contribue aux travaux d’évaluation des techniques, réactifs et trousses commerciales, de sa propre initiative et à la demande des industriels et des autorités de santé.
Ceux-ci font régulièrement l’objet de communications en congrès et de publications (cf. rubriques communications et publications).
Le CNR poursuit également des travaux de recherche épidémiologique portant sur les infections à Streptocoques des groupes A, B et C/G ainsi que sur l’évolution de la résistance aux antimicrobiens chez les streptocoques bêta-hémolytiques et les streptocoques viridans.
Le CNR-Strep est adossé à l’équipe de recherche « Bactéries et Périnatalité » à l’Institut Cochin (https://institutcochin.fr/equipes/bacteries-perinatalite).
Nos travaux de recherche visent à définir les bases moléculaires et à caractériser les facteurs impliqués dans la pathogenèse des infections à Streptocoque du Groupe A et à Streptocoque du Groupe B. Ces thématiques sont exposées dans le dossier de candidature du CNR / rapport d’activité 2017-2021 (cf. rubrique rapports d’activité).
Nos principaux travaux en cours sont exposés ci-dessous.
Streptocoque du groupe A
Le CNR-Strep collabore avec le GPIP (Groupe de Pathologies Infectieuses Pédiatriques), ACTIV (Association Clinique et Thérapeutique du Val de Marne), et le GFRUP (Groupe Francophone de Réanimation et d’Urgences Pédiatriques) à l’étude ISAI (Invasive Group A Streptococcal Infections).
L’objectif principal est de décrire les caractéristiques cliniques, biologiques et microbiologiques des infections invasives pédiatriques sévères à SGA. Les objectifs secondaires incluent l’identification des facteurs de risque d’infection grave, les signes prédictifs de cas graves, la description des complications et de l’évolution à court terme, la caractérisation des souches et de leurs facteurs de virulence.
La recrudescence des infections invasives à Streptocoque du groupe A observée depuis l’automne 2022 a été corrélée à l’émergence du clone M1UK initialement décrit au cours d’une recrudescence de scarlatine en 2014 au Royaume-Uni.
Les objectifs sont d’évaluer la proportion de souches appartenant au clone M1UK parmi les souches expertisées au CNR et de dater l’apparition de ce clone en France.
Streptocoque du groupe B
L’antibioprophylaxie intrapartum (AIP) pour la prévention de l’infection néonatale à Streptocoque du groupe B pourrait modifier la composition du microbiote du nouveau-né et, à terme, avoir des effets néfastes sur sa santé. L’objectif de cette étude est d’évaluer l’impact de l’AIP et du type d’alimentation néonatale sur les fonctions du microbiote intestinal.
L’impact de l’AIP est mesuré à l’aide d’analyses métagénomiques et métabolomiques d’échantillons de selles de nourrissons âgés de 60 jours issus de deux cohortes de couples mère-enfant provenant des projets Col-StreptoB (NCT01719510) et StrepB17 (NCT02471937).
L’objectif principal du projet PREPARE est d’évaluer la pertinence et la faisabilité de la vaccination maternelle contre le Streptocoque du groupe B pour la prévention des infections néonatales. Le projet est coordonné par la St George University of London dans le cadre d’un projet européen soutenu par l’EDCTP (partenariat Europe-Pays en développement pour les essais cliniques). Il implique des partenaires académiques européens (Angleterre, France, Italie, Pays-Bas), africains (Ouganda) et des partenaires privés (Minervax, Pfizer).
Le CNR contribue au Work Package 3 du projet (NCT04732026) dont l’objectif est d’établir des séro-corrélations de protection contre l’infection néonatale à Streptocoque du Groupe B. Le WP3 repose sur des cohortes de couples mère-enfant et sur l’analyse des échantillons de sérum issus de sang de cordon pour valider le degré de protection conféré par les anticorps maternels.
L’objectif du projet VirEvol est de comprendre la plasticité et l’évolution du réseau de régulation CovR dans la diversité phénotypique et l’adaptation des différentes populations de Streptocoques du groupe B à différents hôtes et différentes pathologies, en particulier à l’infection néonatale.
Le système CovR (control of virulence) contrôle directement ou indirectement l’expression d’environ 10% des gènes de SGB. Les gènes régulés incluent de nombreux gènes de virulence (hémolysine, capsule, protéines de surface) avec toutefois un niveau de régulation variable selon les isolats et les clones.
Le CNR-Strep et l’équipe Bactéries et Périnalité sont partenaires de ce projet de recherche collaboratif qui implique l’Institut Pasteur et l’Université de Tours.
En partenariat avec la société Bforcure, le CNR participe à la mise au point d’un test syndromique innovant pour la détection des pathogènes responsables d’infections dans le contexte de la périnatalité.
Les infections néonatales sont un problème majeur de santé publique. Actuellement, leur prévention repose sur i) l’antibioprophylaxie per partum en cas de colonisation vaginale maternelle à SGB et ii) l’antibiothérapie probabiliste en cas de facteurs de risque d’infection périnatale, tels que la rupture prolongée des membranes (RPM). Les tests ultrarapides de PCR permettant la détection et la quantification des pathogènes dans les prélèvements maternels et néonataux peuvent modifier la prise en charge thérapeutique en urgence.
Les équipes de la Fédération Hospitalo-Universitaire FHU PREMA, de l’Institut Pasteur, de l’Institut Cochin et l’entreprise BforCure, coordinatrice du projet, proposent une approche intégrative permettant d’optimiser la prévention des infections néonatales.
Nos objectifs sont de i) Développer un test de diagnostic rapide au lit de la patiente pour la détection des pathogènes, facteurs de virulence et gènes de résistance dans les prélèvements vaginaux ; ii) Identifier par métagénomique les microorganismes associés à la RPM et à la prématurité ; iii) Identifier des biomarqueurs de réponse inflammatoire locale maternelle.
Le projet repose sur l’inclusion de 2 500 femmes enceintes (NCT03371056). La collection biologique en lien avec ces inclusions représente plus de 3500 prélèvements vaginaux dont les résultats de culture standard ont été finalisés avec la participation du CNR. En parallèle 1184 prélèvements vaginaux ont été analysés par métagénomique.
L’utilisation de la plateforme InSPIRe en clinique, permettra de déterminer ses valeurs prédictives pour l’infection intra-utérine et le sepsis néonatal dans la RPM. Le bénéfice attendu sera la création d’un algorithme décisionnel pour la prévention des infections périnatales, permettant de réduire les déclenchements et antibiothérapies inutiles, avec un impact favorable sur les dépenses de santé et l’antibiorésistance.
Résistance aux antimicrobiens
Le CNR a entrepris depuis 2021 une surveillance accrue de la sensibilité des streptocoques aux bêta-lactamines et aux autres anti-infectieux. En effet, des souches de Streptocoque des groupes A et B de sensibilité diminuée aux bêta-lactamines ont été décrites notamment au Japon et aux Etats-Unis. Celles-ci, encore très rares (<2% des souches), n’ont jamais été rapportées en France mais leur détection est difficile.
Le CNR a conçu deux plaques à façon d’antibiogramme en milieu liquide, l’une pour les streptocoques bêta-hémolytiques, l’autre pour les streptocoques viridans, pour d’une part une meilleure détection des souches de sensibilité diminuée aux bêta-lactamines et l’identification des meilleures molécules marqueurs et, d’autre part, pour une meilleure surveillance de la sensibilité des streptocoques viridans aux anti-infectieux notamment des molécules mises plus récemment au marché (daptomycine, dalvabancine, etc.).
Le CNR collabore avec l’Association pour l’Etude et la Prévention de l’Endocardite Infectieuse et avec l’ESCMID Study Group for Bloodstream Infections, Endocarditis and Sepsis (ESGBIES) pour les travaux de recherche portant sur les endocardites à streptocoques.
